Moncef Marzouki est né le 7 juillet 1945 à Grombalia. Il est titulaire d’un Doctorat en médecine de la faculté de Strasbourg (1973).
De retour en Tunisie en 1979, il s’engage comme militant à la Ligue tunisienne pour la Défense des droits de l’homme (LTDH) fondée en 1977. Il est élu membre de son comité directeur en 1985 et vice-président en 1987, puis élu président de la Ligue en 1989.
Il présente sa candidature à l’élection présidentielle du 20 mars 1994. Il fut arrêté et emprisonné jusqu’en juillet 1994, libéré par la suite grâce à l’intervention personnelle de Nelson Mandela. Il a été interdit de sortie de la Tunisie pendant plusieurs années.
Marzouki est membre du comité directeur de l’organisation arabe des droits de l’homme au Caire et membre actif de la section tunisienne d’Amnesty international.
Il est président de la commission arabe des droits de l’homme de 1996 à 2000 et porte-parole du conseil national pour les libertés en Tunisie du 10 décembre 1998 au 16 février 2001.
Licencié de son poste de professeur de médecine à la faculté de Sousse, il s’installe en France pendant dix ans où il exerce différentes fonctions comme professeur associé et médecin.
Marzouki a publié 16 livres en arabe et 4 en français traitant de la médecine communautaire, de l’éthique, des droits de l’homme et de la démocratisation dans les pays arabo-musulmans.
En 2001, il crée le Congrès pour la République (CpR) parti non reconnu qui a été légalisé au lendemain de la révolution du 14 janvier 2011.
Le 18 janvier 2011, Moncef Marzouki rentre de son exil et annonce sa candidature à la présidence de la République.
Elu membre de l’Assemblée nationale constituante (ANC) aux élections du 23 octobre 2011, dans la circonscription de Nabeul II, Moncef Marzouki est le candidat de la coalition tripartite formée, au lendemain des élections du 23 octobre 2011, par le Mouvement Ennahdha, le CpR et Ettakattol.
Le 12 décembre 2011, il est élu président de la République par l’ANC. Candidat vaincu à l’élection présidentielle 2014 face à Béji Caïd Essebsi, il fonda le mouvement Al-Harak puis le parti Al-Irada en décembre 2015.
Moncef Marzouki est marié et père de deux filles.